和硕特部首领拉奘汗、准噶尔部首领策旺阿拉布坦同时宣布不承认仓央嘉措是五世达赖喇嘛转世的艰难时局，摄政王桑结认为，既然当时选择灵童时，各方神灵包括乃琼大护法都已显灵验证，那就必须让仓央嘉措继续作为六世达赖喇嘛存在于西藏，否则众生将失去依靠。为此他果断决定：一、自己放弃摄政王的位置；二、绝不把西藏政教大权交给蒙古人拉奘汗或者策旺阿拉布坦；三、鉴于仓央嘉措一旦掌权便会有生命危险，暂由自己的儿子阿旺仁钦入主噶丹颇章，代行摄政，等危险过去，时态平稳，即把摄政之位交给六世达赖喇嘛仓央嘉措。这是一个凡人不能做出的决定，让仓央嘉措始料不及，他同样跪下，对摄政王桑结说：‘上师啊，你不能走，要走我走。’摄政王桑结说：‘我走，能保住你，你走，我们谁也保不住了。’

“政治家的桑结用极大的忍耐和牺牲精神遏制了已在驻地磨刀霍霍的拉奘汗的蒙古军队。康熙皇帝本意是安定西藏，并不想让拉奘汗或者策旺阿拉布坦获得统治权，对桑结的决定采取了认可的态度，并通过传话以非正式的方式回到了承认仓央嘉措为六世达赖喇嘛的立场上。迫在眉睫的战争以及对仓央嘉措的处置推迟了，西藏又有了两年和平时光。在这两年里，仓央嘉措跟随经师曲介喇嘛和久米多捷活佛以及前来布达拉宫授课的哲蚌寺大喇嘛和甘丹赤巴，学习了《依靠经教》、《怛特罗之讲授和所有生成次第及圆满次第》、《金刚庄严王咒经》等。撰写了《色拉外院马头观音供养法及成就诀》、《答南方藏人阿衮果所问马头观音供养法》、《开启心灵的歌曲》。

“转眼到了1705年2月，康熙四十四年正月，格鲁派的拉萨默朗木祈愿大法会如期举行，作为主会场的拉萨大昭寺人头攒动。蒙古和硕特部首领拉奘汗率侍从参加，那些侍从依仗着拉奘汗的势力在大昭寺门前横冲直撞，全然不把来来去去的僧人放在眼里。前摄政王桑结也来了，他的随员看不惯拉奘汗侍从的嚣张，厉声呵斥。双方先是恶语相向，后是激烈厮打，最终成为刀剑相搏。桑结的随员都是虔诚的佛教徒，哪里敌得过从悍锐的蒙古骑兵中百里挑一的拉奘汗侍从，很快就是死的死，伤的伤，逃的逃。拉奘汗意识到，桑结的随员给自己提供了一个兵戎问罪的理由，武力夺取西藏统治权的机会终于来了。他在督促侍从继续捕杀桑结随员的同时，火速命令早就集结在藏北那曲的蒙古军队向拉萨进发。

“已在悬崖上的桑结只好孤注一掷。他让‘隐身人血咒殿堂’起用了‘最后的勇士’，一个誓死忠于达赖喇嘛和前摄政王桑结的蒙古人接到了唯一一次密令。他叫丹增旺杰，是拉奘汗的内侍，他作为卧底出现在无形密道的另一端，其目的就是为了毒杀拉奘汗。最早传出来的消息是，拉奘汗死了，同时被毒死的还有两个和硕特部的大臣。但是三天后，当拉奘汗的骑兵用长枪挑着丹增旺杰的头，出现在布达拉宫前时，一直躲在白宫内静观事态发展的桑结这才意识到，丹增旺杰失败了，‘最后的勇士’成了最后的牺牲。他觉得十拿九稳的毒杀计划之所以失败，唯一的原因就是出现了叛誓者。谁啊，谁是叛誓者？——又是那个从五世达赖喇嘛留下遗言以来，一直没有搞清楚的问题。

“这时候飞马来报，蒙古军队分三路打来，已经包围了拉萨。桑结立刻奔出布达拉宫，调集前后藏十三万户的军队前往阻拦，双方决战于拉萨以北的彭波果拉山口。但是在佛教的圣地，以战争救赎的人，能有什么好结果呢？六世达赖喇嘛仓央嘉措预感到了来自命运的不祥，立刻写了两封信，一封是写给拉奘汗的，泣血喷泪地劝阻，要他看在共同信仰释迦牟尼的份上不要武力进攻；一封是写给拉萨三大寺住持、拉奘汗的经师嘉木样协巴和远在日喀则扎什伦布寺的班禅额尔德尼的，希望他们立刻或亲自或派人前往战场斡旋调解。但是就跟仓央嘉措预见到的那样，他的努力毫无效果，信使还没到达目的地，势单力薄的藏军就‘犹如被鹞鹰扑打的麻雀一败涂地’。拉奘汗的骑兵占领了拉萨，大量的蒙古骑兵出现在大昭寺、色拉寺和布达拉宫脚下。桑结坐牛皮船逃往贡嘎，后考虑到继续对抗只能引来生灵涂炭，便率领残部从贡嘎来到堆龙沟，向拉奘汗的老婆结莫次仁扎西投降。拉奘汗的老婆得到桑结后，秘密押到堆龙德庆的狼子村，在一个月黑风高的夜晚，亲自操刀，以忤逆之罪，处死了这位忠于朝廷、忠于六世达赖喇嘛仓央嘉措、发誓不让蒙古人统治西藏的摄政王。事件发生得既隐蔽又突然，当西藏人民以为他们的主人、曾经的摄政王桑结还在和蒙古人浴血奋战时，桑结已经羽化而升天了。