需经三个月战斗，才能歼灭新四军，不料前后不过一个多礼拜。论功行赏，三十二集团军司令上官长官独得奖赏法币五万元（当时一个上校的月薪大约是一百二十元）。一月十七日，蒋兴奋之余，断然取消新四军番号，并将叶挺交军法审判。一月三十日，对此事仍感满意，在日记上写道：

解决新四军案，撤销其番号，此为国民革命过程中之大事，其性质或甚于民国十五年三月二十日中山舰事件也。见《蒋总统秘录》，页二七一七。

他把此事与中山舰事件相提并论，甚有意思，有助于理解中山舰事件的性质，原来都是自我导演的反共狠招。不过，对他而言，皖南事变还不如中山舰事件成功，并没有把共产党压下去，甚至损人损己，完全得不偿失。蒋介石自以为得计，却忘了他以领导抗日的主帅，歼灭了一支于抗日有功的部队，于理已经有亏。他的军委会发言人说新四军叛变，因他们要开往被敌人占领的京、沪、杭三角地区建立根据地，更是自失立场，被毛泽东讥为“替日本帝国主义尽忠”被扣上外通日寇共同反共的帽子（见《毛泽东选集》第二卷，页七三四至七三五），给延安提供了一个向重庆做猛烈政治进攻的大题目，令蒋处处被动，一面要钳制国内舆论，另一面又要向苏、美、英各国解释，弄得焦头烂额。特务不准重庆出版的《新华日报》发表新四军被团歼的新闻，已见心虚，而周恩来在一月十八日报纸第二版开天窗处，仅书：“为江南死难者志哀”在第三版开天窗处，题了四言四句：“千古奇冤，江南一叶；同室操戈，相煎何急？”反而轰动重庆，引起对中共更广泛的同情。国民党特务查禁报刊、捕打报童，反而愈描愈黑。蒋介石撤销新四军番号，更是失策？选撤销有什么用？反而把新四军“解放”了，不再隶属以蒋为首的国民革命军序列。毛泽东于撤销后的第三天，就以中共中央革命军事委员会名义，命令陈毅代理新四军军长。该军虽被歼灭六千余人，但在华中与苏南总共尚有九万余人，蒋介石完全管不着了，也不再提调往黄河以北的事了。事实上，毛泽东于皖南事变后，将江南的新四军加上黄克诚部编了七个师，于一九四一年二月二十八日正式发布命令。不久又在华中建立三个战略地区，正好让红军在华中地区尽情发展。一九四九年五月，陈毅率领第三野战军攻占上海，并出任上海市长，谭震林出任浙江省主席，都是原新四军人马。即使在军事上，蒋也是绝对得不偿失的。

在政治上，毛泽东更是针锋相对，攻势凌厉。指责国民党亲日派策动反共高xdx潮，欲与日本联合剿共“以内战代抗战、以投降代独立、以分裂代团结、以黑暗代光明。其事至险、其计至毒”（《毛泽东选集》第二卷，页七三一）这是相当严厉的指责，在这样严厉的指责下，难怪蒋介石对日和谈常常有心无力了。而毛泽东更进而提出十二条相逼，不仅要求认错、取消“反动命令”还要求释放政治犯、废止一党专政、实行民主政治等。最有趣的是，毛还要求蒋“实行三民主义，服从总理遗嘱”表示蒋既未实行，亦未服从。

在中共强大的政治攻势以及中外舆论压力下，蒋介石在一月二十七日公开表示“绝不致因制裁叛逆而引起内战”意思是不会为此与中共决裂，并强调不会像汪精卫那样破坏抗战，出卖民族，口气已经改攻为守了。三月一日国民参政院将开幕，中共参政员七人声称皖南事变善后办法未定夺前，拒绝出席，又给蒋介石出了难题。蒋于三月八日会上保证“以后绝无剿共军事”并“诚恳地向毛泽东、董必武等参政员劝勉”并选举董必武为常驻参政员，以及释放被国民党第十六军扣留的八路军李华等二十五人。三月十四日蒋还特别请周恩来夫妇吃午饭。（见唐纵《在蒋介石身边八年》，页一九八）此一发展促使毛泽东于三月十二日致电周恩来时，径骂蒋介石“这个大流氓，实际是欺软怕硬的”中山舰事件使蒋介石的反共潮得逞，但新四军事件不仅未得逞，反而更加倒退，他想统一的军令、政令，更加无望了。