其次便是参谋制度和后勤制度的改革，从前的将领眉胡一把抓，既要筹划打仗，又要后勤，不但非常的累，而且一不小心就会犯错。参谋制度和后勤制度的引就很好的解决了这个问题，作战参谋要负责制定行军、绘图、驻扎、战术等计划，提供给将领参考，大大减轻将领的负担，同时人多也会避免单人思考不周而犯错。后勤制度则是军队供需完全不由一军将领掌握，完全由后勤司来掌，将领不必再为军械钱粮而苦恼，后勤司会安排好一切。

这次整编萧云贵和西王府上下、军中各级将领都计划了好久，虽然各可能现的情况都有解决方案，但毕竟军队是萧云贵和洪韵儿保命的命，因此军队的改革不像新政改革那样，萧云贵必须亲自坐镇。(未完待续。。)

第三消除帮派则是萧云贵的一个很重要的整编理由，明面上是消除军队里的帮派山，实则萧云贵是要打破太平军中兵为将有的现状。就像李秀成、林启荣、林凤祥等等，他们的手下将越来越多的成为各将领的亲信，萧云贵不希望看到今后自己指挥不动军队的情况发生。因此他必须打破这局面，牢牢的把军队抓在自己的手中。

太平军使用的周礼军制已经不适合这作战需要了。太平军的一个军有一万多人，旗下一个师两千六百多人，在作战的时候，一个战术方向上使用一个战术单位是较好的，而太平军一个军的兵力到下一级忽然锐减为两千多人，在大兵团作战的时候是明显不够的，而在小规模作战中又显得太多。随后的几级编制中都存在这样的问题，原因就是太平军编制是五五编制，五卒为旅，五旅为师，五师为军。

这样一来，就会一步削弱一个将领在一支军队中的作用，也保证一军将领什么意外的时候，整支军队也不会因此混，参谋和副官们还是会继续运作，把队带好。同时，这也让萧云贵抓住军队的想法更趋牢靠。

军队制编制“三三制”,最早起源于英国将军汉密尔顿爵士依据军事组织的历史得的结论。他认为基层军队理幅度应在三至六人之间,三人将使一名军官相当忙碌,而六人也许要一天工作十小时。他论述:“我们越是接近整个组织的最司令,就越是应当三人一组行工作,我们越是接近整个组织的基层(战列步兵),就越是应当六人一组行工作。”他的这个理论影响甚大,英国的军队制依此“三三制”编制。随后，苏联等国均采用此编制。

在萧云贵看来既然太平军正在向兵军队过渡，因此这次整编需要连同军队编制一起行改变，改变成更加适合兵作战需要的三三制。

然后就是几个军队制度的改变，其一是典官制度的改变，今后随军典官将正式改名为教导官，他们除了教士兵识字之外，最重要的作用就是掌握士兵的思想，时常给士兵们洗脑。教导官将单独由讲武学堂的政治司培养，政治司的司长是王闿运，这也是萧云贵一个重要举措，他不希望军队指挥政府，而是政府指挥军队。

最后的学新战术也就是通过整编，让各级军官，基层士兵重新训，从而熟悉和掌握全兵的作战方法。

虽然说李秀成、林启荣、林凤祥这些人对自己都是忠心耿耿的，但历史上的忠王不也是经常不听天京方面的将领么？萧云贵需要通过整编队来打散原来的格局，西殿太平军的将领今后将实行换。

同时军队里现在也的确是帮派林立，什么天地会、什么小刀会、什么厦门义军、什么青浦义军，士兵们喜照原来的帮派拉帮结伙。萧云贵不能容忍这些旧有的帮派势力渗透自己的军队，整编就是最好的手段。

当然三三制在现代已经不适用了，因为现代战争的通讯手段改变，每个单兵的通讯装备都很好，一个军官可以指挥更多的士兵，因此现代军队的编制更趋于灵活。

三三制在兵军队兴起之初得以广泛运用还有一个重要的问题就是战场通讯问题。冷兵是听鼓声而，看令旗为伍，闻号炮为令，简单的一些指令兵卒可以据这些来服从命令。而兵军队就不同了，就像一个简单的排队枪毙就需要整个战线的士兵统一动作，统一发扬火力。因此在兵战争中，一个军官指挥几个士兵才不会忙中错呢？汉密尔顿爵士已经找到了答案。