两江总督陆建瀛和江苏巡抚杨文定因为芜湖一代的防御署吵得不可开，杨文定、祥厚等人决定联合起来，参奏陆建瀛，希望赶走这个碍事之人。在杨文定的指使下，南京的不少官员先后给总督陆建瀛写信，表示不迎总督回省，朝廷旨意是让总督大人您在前堵剿长，您回来后方什么呢？陆建瀛厚着脸从九江一路退到南京后，闭门三日，并无属官上门问安、问策，直接无视这位撤退总督。

咸丰三年二月二十七日，西殿太平军攻克芜湖之后，前锋李开芳开抵南京，与清军遭遇。武昌自南京沿江路途一千八百里，西殿太平军竟然一个月攻至南京，平均每日军六十余里，沿途清军抵抗的微弱，实在令人震惊。这也让西王善战的威名远播四方，同时造就了一个后世再也难以复制的军事奇迹，一个月内奔袭一千八百里，沿途所当者破，所击者服，古老的金陵城已经完全暴在太平军的刀锋之下了。

萧云贵可没空理会清廷那些欺上瞒下的破事，他在安庆休整三日后，上提兵接着沿江往东而下，沿途池州、铜陵皆是一鼓而下，金陵西面最后一重镇芜湖已经近在前了。

太平军兵锋直指芜湖，南京城虽危在旦夕，但城内文武大员的内斗却正如火如荼。满清在巡抚之上又设总督，督抚同城办差，总督虽然名义上是巡抚的上级，但权力却并不比巡抚大，正所谓县官不如现就是这个理。总督并不能涉巡抚理政，是故有清以来，督抚就经常争斗不休。

不过周天师照样上表朝廷邀功，说沿江毒毙长贼不下万人，咸丰大喜之下，奖赏颇丰。随后周天爵见好就收，以其年事已，无力兼顾用兵和民事，力辞安徽巡抚一职，咸丰帝想想也是，一个八十一岁的老人了，也不好意思让人家劳，便改由刑侍郎李嘉端任巡抚，以周天爵老于戎阵，赏兵侍郎衔帮办军务。

咸丰帝严饬向荣加快步伐追赶太平军，又调大批苏浙兵勇南京救援。清廷军机经过几个昼夜的争吵，总算有了个方略，咸丰皇帝也没有什么主见，大笔一挥准了这个方略。

清军总布置是，江宁将军祥厚主持南京防御，江苏巡抚杨文定守镇江，新任漕督杨殿据瓜州，向荣两万人自江南驰援南京，琦善万余江北兵自江北驰援瓜州，企图将太平军尽数歼灭于南京城下。小皇帝不通事务，一番署与赵括、谡二位君不相上下，试想顺江而下的西殿太平军十万之众，有战斗力的军队至少有五万，江南那两、三万毫无斗志的清军，守城尚嫌不足，又如何打歼灭战？于是向荣和琦善两大主力统统借故拖延，拒绝遵旨参与南京会战，两员大将心下雪亮，前的局势正是：先到先败，后到后败，同到同败，不到不败。

巡抚杨文定早就想脚底抹油了，只是苦于无合适借逃离这是非之地，于是称自己无法与只会逃跑的总督陆建瀛合作，只得走，企图把自己走的责任推给总督陆建瀛。

周天师的毒草是如何使用的呢？他派人将毒草撒到江河之中，希望沿江太平军饮了这些毒之后，一个个穿肚烂而死。但很可惜，大自然的中和能力超过了周天师的想象，这些毒草没有给太平军造成什么麻烦，况且萧云贵早就指使各军，今后饮用一定要烧开了才能喝，就这样周天师毒草的生化武作战失败了。

草不生，不少药商发了大财。在往金陵路上的萧云贵听闻消息，这小财迷心窍，上指使安庆守军朱锡能采得数万斤烂草，通过宝庆商会和贵云商号卖给周天爵，换回大批银购买了一批火药粮补充安庆的朱锡能。就这样，安庆守军不但得了大笔的好，宝庆商会和贵云商号也得了不少利，更难得的是两家商号荣膺周天师的嘉奖，说他们是真心会朝廷办事的行商之人。

此举正中陆建瀛下怀，陆总督也被杨文定的非暴力不合作态度激怒了，正想好好整治一下这个杨文定，同时他盘算着趁把南京城的银粮盘回家去，发一笔小财，赶走杨文定自己正好办事。陆建瀛打定赶走杨文定的主意，言讥讽杨文定是要赖在南京等总督的缺。杨文定搜集到自己确系陆建瀛赶走的证据后，火速撤离。南京最大的两位官员，一为钱，一为命，把战前的南京糟蹋得不成样。